Lucas' Place

藍白蟲再度出現，但是不再想跟他奮戰了，我目前只要答案，現在有神器相助，可以暫時避開問題。
神器在Window系統已經調校的差不多了，磁碟陣列的速度也拉到250Mb/S上下，與預期的差不多。硬體系統OK了，接下來要踏入陌生的Linux 系統了。下午試了一下，不太好搞。

今天兩台電腦都不乖，神器仍在調教中，程式的藍白蟲也仍在作戰，到了下午重寫了Suppier， 把Filestream換成Streamreader 才解決了問題。

今天東東生曰，看這小子驕傲的樣子，讓我決定，以後我家小孩，生日只是Optional， 沒有期待只有驚喜，什麼生曰我最大，可沒列入我家家訓裡。

等了很久，神器終於來了，聽廠商說這傢伙也來之不易，因為架構特殊，原廠來來回回的跑了N次，派的工都快可以把機器賺回來了。不過，即便如比，神器來時仍然桀傲不遜，花了一整天才讓動起來。

仔細思考覺得用Alignment 有許多問題，所以決定暫時用Gap free 的方法， 再加上三端邏輯，這樣強度應該夠了。數值計算今天完成，明天可以來分析結果。

下午以前頭頭約談 ，希望我主導一個大型計劃，說實在對我而言是有誘惑力的，練劍數載，我知道我可以擔的下來.這是一個很好証明能力的機會。但是這計劃本身並非我生涯規劃 ，現在我不必急著展示力量，我的戰場不在這兒，要忍住不可輕用其鋒。

早上，動手把新作的模組加入原來的程式，擔心的事果然發生了，因為運算量激增，原來十分鐘可完成，現在要三十小時，下午試著最佳化簡化程序，結果失敗，回家想想決定用暴力解決，拆分任務，然後找一堆電腦來團結力量大。

開始用昨天完成的元件分析序列，演算法好1500bp的比對快到來不及計時，不知作85萬次要多久。不過，開始大規模攻擊前要先想好戰略，下午分析了一下，並且就手邊的資料作初步的測試，突然發現沒有模糊比對的元件還是沒法完成，編碼的手還是暫時停不下來。
中午Meeting 聽到學弟實踐了我一年前的建議，心理很開心，如果我的點子能幫任何人，我很樂意無私的供獻我未用的CPU Time，雖然大部份時間他們都會說，嗯，學長你說的方法應該可以解決問題， 然後選一個自已最方便的方法，繼續陷在泥沼。

早上去看了工地，泥作差不多完成了，開始鋪磁磚了。窗框窗戶也先到了。

早上坐捷運，看到女僕早餐換新裝了，今天是粉紅的女僕裝。

上午把合作案要用的Array 資料下載回來，時代不同了，一個計劃就可以用到近2Gb的資料。

今天完成外勞申請的委任，拿了一疊資料要選人了。

德華來電說窗框的規格似乎不符設計，所以我們決定要更換。

晚上回去，順路去貓花園餐廳吃飯，許久沒去了，裡面貓況變好了，餐也有進步。

終於完成了Alignmet的元件，玩了一下還蠻好玩的。

想要用一個　[ImportDll()] 就從此過著幸福快樂的日子嗎！天下沒有這麼好的事，要build c source code 成為 dll, 也要修改 dll 介面讓 C++ 跟 C# 能相融，所以不能避免的也得要修練一下要合體的C++, 上午掙扎了一下，去借了兩本C++的入門書，來硬Ｋ一下，志不在成為C/C++ 的高手，只要能看懂別人的碼，可以作點修改就可以了！

上週五 meeting 跟在搞細菌的學弟聊了一下,發現了之前 primer mapper 的構想可能太天真了一點,用 sequence alignment 的方法,可能是無法避免,我一直不想涉入這一個區塊, 因為 sequence alignment 是一個非常困難的工程, 不但是演算法很高深,連程式的寫法也很困難。不過，該來的還是會來，本來想以後再來插手這一塊，即然碰到了，就來吧！

上午作了點功課，發現演算法沒有想像中的難懂，而且 sequence alignment 還是 dynamic programing 的精典教材，我想即然如此，要偷程式碼應該很容易，結果是有找到，可是全是 C and JAVA 寫的，有時候用少數民族的語言來作科學，實在有點辛苦。一樣的是Ｃ base 的語言，我想要把它們翻成 C# 應該也不難，但我錯了，C++ 跟純物件的 C# 是有一段差距的，試了一下決定明天來去偷別人的DLL 來用。