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目前分類: 2009年06月的文章    檢視方式: 列表 摘要
磁碟陣列的速度拉到250Mb/Sec了
lucast 在天空部落發表於 18:10:23
藍白蟲再度出現,但是不再想跟他奮戰了,我目前只要答案,現在有神器相助,可以暫時避開問題。
神器在Window系統已經調校的差不多了,磁碟陣列的速度也拉到250Mb/S上下,與預期的差不多。硬體系統OK了,接下來要踏入陌生的Linux 系統了。下午試了一下,不太好搞。
兩台電腦都不乖
lucast 在天空部落發表於 18:09:57
今天兩台電腦都不乖,神器仍在調教中,程式的藍白蟲也仍在作戰,到了下午重寫了Suppier, 把Filestream換成Streamreader 才解決了問題。
生日只是Optional
lucast 在天空部落發表於 18:09:13
今天東東生曰,看這小子驕傲的樣子,讓我決定,以後我家小孩,生日只是Optional, 沒有期待只有驚喜,什麼生曰我最大,可沒列入我家家訓裡。
神器終於來了
lucast 在天空部落發表於 18:08:46
等了很久,神器終於來了,聽廠商說這傢伙也來之不易,因為架構特殊,原廠來來回回的跑了N次,派的工都快可以把機器賺回來了。不過,即便如比,神器來時仍然桀傲不遜,花了一整天才讓動起來。
不可輕用其鋒
lucast 在天空部落發表於 18:08:15
仔細思考覺得用Alignment 有許多問題,所以決定暫時用Gap free 的方法, 再加上三端邏輯,這樣強度應該夠了。數值計算今天完成,明天可以來分析結果。

下午以前頭頭約談 ,希望我主導一個大型計劃,說實在對我而言是有誘惑力的,練劍數載,我知道我可以擔的下來.這是一個很好証明能力的機會。但是這計劃本身並非我生涯規劃 ,現在我不必急著展示力量,我的戰場不在這兒,要忍住不可輕用其鋒。
團結力量大
lucast 在天空部落發表於 18:07:33
早上,動手把新作的模組加入原來的程式,擔心的事果然發生了,因為運算量激增,原來十分鐘可完成,現在要三十小時,下午試著最佳化簡化程序,結果失敗,回家想想決定用暴力解決,拆分任務,然後找一堆電腦來團結力量大。
編碼的手還是暫時停不下來
lucast 在天空部落發表於 18:06:48
開始用昨天完成的元件分析序列,演算法好1500bp的比對快到來不及計時,不知作85萬次要多久。不過,開始大規模攻擊前要先想好戰略,下午分析了一下,並且就手邊的資料作初步的測試,突然發現沒有模糊比對的元件還是沒法完成,編碼的手還是暫時停不下來。
中午Meeting 聽到學弟實踐了我一年前的建議,心理很開心,如果我的點子能幫任何人,我很樂意無私的供獻我未用的CPU Time,雖然大部份時間他們都會說,嗯,學長你說的方法應該可以解決問題, 然後選一個自已最方便的方法,繼續陷在泥沼。

早上去看了工地,泥作差不多完成了,開始鋪磁磚了。窗框窗戶也先到了。
女僕早餐換新裝
lucast 在天空部落發表於 18:06:05
早上坐捷運,看到女僕早餐換新裝了,今天是粉紅的女僕裝。

上午把合作案要用的Array 資料下載回來,時代不同了,一個計劃就可以用到近2Gb的資料。

今天完成外勞申請的委任,拿了一疊資料要選人了。

德華來電說窗框的規格似乎不符設計,所以我們決定要更換。

晚上回去,順路去貓花園餐廳吃飯,許久沒去了,裡面貓況變好了,餐也有進步。

終於完成了Alignmet的元件,玩了一下還蠻好玩的。
修行C++
lucast 在天空部落發表於 23:31:25
想要用一個 [ImportDll()] 就從此過著幸福快樂的日子嗎!天下沒有這麼好的事,要build c source code 成為 dll, 也要修改 dll 介面讓 C++ 跟 C# 能相融,所以不能避免的也得要修練一下要合體的C++, 上午掙扎了一下,去借了兩本C++的入門書,來硬K一下,志不在成為C/C++ 的高手,只要能看懂別人的碼,可以作點修改就可以了!
引入alignment 功能
lucast 在天空部落發表於 23:17:18
上週五 meeting 跟在搞細菌的學弟聊了一下,發現了之前 primer mapper 的構想可能太天真了一點,用 sequence alignment 的方法,可能是無法避免,我一直不想涉入這一個區塊, 因為 sequence alignment 是一個非常困難的工程, 不但是演算法很高深,連程式的寫法也很困難。不過,該來的還是會來,本來想以後再來插手這一塊,即然碰到了,就來吧!

上午作了點功課,發現演算法沒有想像中的難懂,而且 sequence alignment 還是 dynamic programing 的精典教材,我想即然如此,要偷程式碼應該很容易,結果是有找到,可是全是 C and JAVA 寫的,有時候用少數民族的語言來作科學,實在有點辛苦。一樣的是C base 的語言,我想要把它們翻成 C# 應該也不難,但我錯了,C++ 跟純物件的 C# 是有一段差距的,試了一下決定明天來去偷別人的DLL 來用。
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